اکسید کردن مواد بوزا و پاتوژن ها موجود در آب با توجه به ضریب انتقال بالای نانو حباب ها و هم‌چنین خاصیت اکسید کنندگی آنها، به منظور ضدعفونی کردن می تواند مورد استفاده قرار بگیرد. این موضوع با استفاده از انواع گازهای اکسنده نظیر هوا، اکسیژن و ازن امکان پذیر است.